基隆嶼位於臺灣東北部海域，島上的岩層主要呈現東北─西南方向，從島嶼南端朝著西南方向延伸，越過海域即抵達陸地(基隆港外側的和平島)。島嶼和陸地之間相距約4公里，距離雖然不遠，但是島上岩層一路向西南延伸入海，在海底形成一道狹長型的山脊，有如一道矗立在海床上的門檻，稱之為「基隆海檻」。

要解釋基隆海檻的形成，得先從基隆嶼的岩層談起。基隆嶼是一座由火成岩構成的島嶼，如果把它想做是一座獨立高聳的山峰，那這座山峰有一大部分在海面以下。島嶼南端沒入海中的岩層，高度朝著陸地的方向一路降低，海水的深度也愈來愈深，在接近和平島的海底達到最深，水深大約60公尺。所以，基隆海檻，其實是由狹長型的岩體所形成一道傾斜的門檻。突出海面的基隆嶼，也可算是海檻的一部分。

因為海檻橫亙的關係，靠近基隆嶼一帶的海水較淺，不利於船隻航行，故來往船隻多選擇距離和平島較近的深水水域通過，以免觸礁擱淺。船隻航行也總會避開此一海域，不管是在基隆嶼岸邊或搭船行經鄰近海域，總能望見基隆嶼南側海面波濤洶湧、白浪滔滔，這正是附近海域的海流受到海檻影響而形成的特殊海象。