「深海展示廳」及「深海影像廳」這兩個展示廳可以說是海科館最具有特殊意義的展示廳，它們是由歷史建築「北部火力發電廠」的鍋爐室蛻變而來。提到這個很特別的建築物，不得不提一下它的歷史，北部火力發電廠興建於民國26 年（西元1937 年；昭和12 年），是日本領臺時期，使用海洋工程技術，進行「填海造陸」作業所構築的亞洲最新式大型火力發電廠。這個發電廠於民國70 年（西元1981 年）關閉，荒廢近20 年，直到有設立國立海洋科技博物館的需求，才又引起大家的關注。而「深海展示廳」就是使用這個鍋爐室0公尺到8 公尺的空間，「深海影像廳」則使用8 公尺到30 公尺的空間。